二聚果糖是从菊苣根中提取的，经提取过滤、去除蛋白质、矿物质及短链果聚糖、喷雾干燥等步骤制成的具有保健功能的低聚糖，由α -果糖以β-1,2糖苷键连接，在其末端接一个葡萄糖残基而形成的。
多聚果糖和低聚果糖的区别：命名方式不同、作用不同、应用领域不同
1、命名方式不同
多聚果糖的名称通常采用系统命名法，即用规定的符号D或L和α或β分别表示单糖残基的构型和糖苷键的构型，
用阿拉伯数字和箭头（→）表示糖苷键连接的碳原子位置和连接方向，用O表示取代位置在羟基上。如：麦芽糖的系统名称为4-O-α-D-吡喃葡萄糖级-（1→4）-D-吡喃葡萄糖；乳糖的系统名称为β-D-吡喃半乳糖基-（1→4）-D-吡喃葡萄糖，
蔗糖系统名称为α-D-吡喃葡萄糖基-（1→2）-β-D-呋喃果糖苷。除系统命名外，因习惯名称使用简单方便，沿用已久，故目前仍然经常使用，如蔗糖、乳糖、海藻糖和棉子糖等。
而低聚果糖是指2~5个果糖基为链节，以一个葡萄糖基为链的端基，以果糖基→果糖连接键为主体骨架连结形成的碳水化合物。即是指1~4个果糖基以β-2,1键连接在蔗糖的D-果糖基上而形成的蔗果三糖（GF2）、蔗果四糖（GF3）、蔗果五糖（GF4）和蔗果六糖（GF5）的混合物。
商品低聚果糖一般还含有少量蔗糖、果糖、葡萄糖。
2、作用不同
多聚果糖可以促进营养的吸收，尤其是钙的吸收。摄入低聚果糖能提高生物体对钙离子的吸收，这一现象受到了越来越多的关注，一些人体临床实验也得以陆续开展。对于青少年，含有丰富低聚果糖的菊粉证实可通过强化钙质吸收和增加骨密度对骨骼健康产生正面的效用。
对于停经后的妇女，富含低聚果糖的菊粉证实可提高矿物质吸收而改善骨骼健康。另有临床研究结果指出，补充含有丰富低聚果糖的菊粉可帮助改善更年期妇女的矿物质吸收并影响其骨更新标记
而低聚果糖对肠道益菌的增殖作用。低聚果糖对肠道中有益菌群如双岐杆菌、乳酸杆菌等有选择性增殖作用，使有益菌群在肠道中占有优势，抑制有害菌的生长，减少有毒物质（如内毒素、氨类等）的形成，
对肠粘膜细胞和肝具有保护作用，从而防止病变肠癌的发生，增强机体免疫力。
低聚果糖在一25~5摄氏度的低温下贮存仍很稳定，可以应用在冰淇淋之类的冷食中。低聚果糖应用于奶粉，对排毒洁肠、双向调节微生态平衡很有作用。低聚果糖用于乳酸菌饮料，解决人们乳糖耐受性问题，增加水溶性可吸收钙的含量，
使乳制品更易消化吸收。低聚果糖作为益生素，用于动物饲料生产，只消灭有害菌，不杀死有益菌，对动物安全无毒性。
而多聚果糖添加于化妆品，可以抑制脸部皮肤表面有害菌的生长，并能有效减缓色素沉淀，淡化并消除色斑，对皮肤保健有良好的作用，可与各地特产植物（如绞股蓝、芦荟等）搭配开发生产国际流行的第三代保健品，
具有抗肿瘤和增强免疫功能：许多报道显示，双歧杆菌具有抗癌作用。这可能是由于双歧杆菌细胞、细胞分泌物及细胞壁成分刺激免疫系统所致 。